C'est un des éléments les plus importants de l'aquarium. Il faut distinguer le cas des aquariums d'eau douce, de celui des aquariums d'eau de mer.
La capacité de filtration requise se définit par rapport à la taille de l'aquarium ainsi qu'à la population de poissons que vous envisagez d'introduire dans l'aquarium (gros poissons, cichlidés, eau de mer, aquarium planté).
Une filtration intérieure est suffisante (pompes intérieure, ex Hydor K10 ou bac à décantation).
Il vaut mieux utiliser un filtre extérieur pour sa plus grande capacité en masses filtrantes. Pour un aquarium planté, avec une population de petit poissons, un filtre d'un débit équivalent à une à deux fois le volume de l'aquarium par heure est suffisant (ex : 200L/H de débit pour un bac de 100L). Pour de plus gros poissons ou des cichlidés un débit équivalant à 4 fois le volume de l'aquarium est nécessaire pour conserve une eau claire.
Il faudra veiller à ne pas trop nettoyer la mousse de filtration afin de conserver une partie des bactéries dénitrifiantes et alterner d'une semaine le nettoyage du filtre avec le changement d'eau.
Pour l'eau de mer, le filtre doit avoir un débit équivalant à 4 ou 5 fois le volume de l'aquarium. Il doit être accompagné de pompes de brassage ayant elles aussi un débit de 4 à 5 fois le volume de l'aquarium. Une répartition de ce débit sur plusieurs pompes est préférable afin de créer des courants alternatifs dans l'aquarium.
La préfiltration peut être effectuée avec de la mousse à cellules ouvertes ( type mousse bleue T30).
Pour une filtration biologique efficace, des matériaux filtrants (type bioceram) sont conseillés ; ils supporteront une colonie bactérienne importante grâce à une grande porosité.
Quelques jours par mois, il faudra filtrer sur charbon afin d'éliminer les produits colorants provenant de la dégradation biologique .
La filtration de l'aquarium récifale diffère de celle des aquariums uniquement consacrés à la maintenance des poissons, par la charge de matière organique qui y est plus faible en raison de la taille des poissons généralement plus petits et moins nombreux, et du fait de la mise en place d'un décor à base de pierres vivantes qui vont effectuer une partie de la dégradation (aérobie et anaerobie) des déchets organiques.
On va plutôt orienter la filtration vers une préfiltration mecanique que l'on veillera à nettoyer très souvent pour éviter la production de nitrates, et sur l'écumage qui va permettre de retirer du système la plus grosse partie de la matière organique produite.
Les accessoires étant plus nombreux dans les aquariums d'eau de mer (écumeur, réacteur, dénitrateur etc.) une cuve de filtration placée sous l'aquarium, accueillera tous les accessoires de filtration et les rendra invisibles (les aquariums prévus pour contenir de l'eau de mer sont généralement perçés d'origine, à cet effet par le fabricant, ou peuvent l'être par la suite). Cette cuve sera alimentée par gravité, grâce à une descente type Tunze 1076. Les filtres du type Reef 500 ou Reef 1000 d'Aquamedic conviennent particulièrement a cette application grâce à un système de 3 modules comprenant un préfiltre, un écumeur à injection, et un module comprenant des bioballes. Des modules optionnels (dinitrateur et réacteur à calcaire) peuvent être ajoutés sur la version reef 500 (inclus dans le Reef 1000).
Pour le brassage, comme pour les aquariums destinés uniquement à la maintenance des poissons d'eau de mer, il vaut mieux utiliser plusieurs pompes de brassage d'un débit équivalant à 4 ou 5 fois le volume du bac, de façon à répartir le flux. On peut aussi mettre les pompes en opposition avec un déclenchement alternatif (grâce à une centrale type Tunze 7094 ou Wave master d'Aquamedic) pour créer un courant reproduisant les marées, favorable au développement des invertébrés.